Zwei Jahre nach den Geschehnissen im ersten Teil erholt sich Japan nur langsam von den Folgen des Zweiten Weltkriegs und von dem Angriff Godzillas. Doch gerade als es so aussieht, als könnte allmählich Frieden einkehren, taucht die mythische Riesenkreatur Ghidorah auf. Doch damit nicht genug: Aus den Tiefen des Ozeans steigt Godzilla erneut empor. Ein Aufeinandertreffen der beiden überdimensionalen Monster ist unausweichlich.