Nachdem das gelbe Tentakelwesen Koro-sensei den Großteil des Mondes zerstört hat, erklärt es die Erde zu seinem nächsten Ziel. Zuvor wird es jedoch Lehrer der Klasse 3-E einer Mittelschule. Dort gibt Koro-sensei seinen Schülerinnen und Schülern die Möglichkeit, sein Vorhaben zu verhindern, indem sie es bis zum Ende des Schuljahres töten. In dieser außergewöhnlichen Situation entwickelt sich zwischen Lehrer und Schülern eine besondere Beziehung.